Devedesetih i početkom novog milenija Elvir Baljić bio je po mnogima najbolji igrač reprezentacije Bosne i Hercegovine i uz Hasana Salihamidžića naša najveća nogometna zvijezda u svijetu. Put ga je iz opkoljenog Sarajeva odveo u Tursku, gdje je eksplodirao, te za kratko postao najveća nogometna zvijezda. Iz Bursaspora u kojem je doživio potpuni igrački procvat, prešao je u Fenerbahce u kojem je zajedno sa sunarodnjakom Elvirom Bolićem jedno vrijeme predstavljao strah i trepet za protivničke golmane.
Sjajne partije i ljevica koja ga je izdvajala od drugih dovele su ga do najvećeg kluba na svijetu, slavnog Reala iz Madrida sa kojim je u prvoj sezoni osvojio naslov evropskog prvaka. Iako je dočekan kao velika zvijezda, tadašnji bh. as ipak nije predstavljao važnu kariku u kraljevskom klubu. U početku dok je na kormilu bio John Toshack, Balja je bio standardan, međutim kasnijom promjenom na klupi uz pehove i povrede, pao je u drugi plan i nakon osvajanja Lige prvaka jedno vrijeme čak proveo u drugom timu. Kratko je igrao kao posuđen igrač u Rayo Vallecanu u kojem se družio sa Nerminom Šabićem i Elvirom Bolićem, da bi se 2003. vratio u Tursku, ali ne u Fener već u Galatasaray.
Bio je to odličan potez, jer je igrajući za Galatu sve do teške povrede koljena ponovo bio jedan od najboljih igrača u Turskoj. U tom periodu briljirao je i u dresu reprezentacije. Ukupno je u najdražem dresu odigrao 38 utakmica i postigao 14 golova. Jedini je bh. fudbaler koji je na jednoj utakmici postigao četiri pogotka. Bilo je to na utakmici protiv Estonije u Talinu.
Nakon oporavka izgubio je nekadašnju formu, tražio se u Konyasporu kod Safeta Sušića, koji mu je spasio karijeru nakon što je bio odlučio okončati je već u 32. godini. Karijeru je 2008. okončao u Istanbulsporu.
Prvo trenersko iskustvo stekao je u A reprezentaciji Bosne i Hercegovine u kojoj je asistirao Safetu Sušiću. Bio je dio stručnog štaba koji je Zmajeve odveo na zasad jedino veliko takmičenje. Kasnije je asistirao Sušiću i na klupi Alanyaspora, te je jedno vrijeme vodio i Karabukspor. Kao trener Tuzle, Baljić će zvanično biti predstavljen sutra na konferenciji za medije u 11 sati. Zanimljivo je da je nakon igračke, Baljić bio započeo i muzičku karijeru. Snimio je album Novi dan, a osim naslovne numere izdvojila se i pjesma Još poljupce, te mnoge druge.
