Marko Livaja se objavom na Instagramu oprostio od hrvatske nogometne reprezentacije.
”Nakon dugog razmišljanja donio sam odluku o odlasku iz hrvatske reprezentacije o čemu sam prije ove objave obavijestio Hrvatski nogometni savez. Izborniku i stožeru zahvalan sam na svom vremenu provedenom u reprezentaciji i priznanju kao igraču, a uvijek će mi posebno u srcu ostati bronca iz Katara i atmosfera koja je vladala među suigračima te radost u cijeloj državi i dijaspori koja je vladala zbog sjajnog uspjeha. Ponosan sam na svaki nastup za moju domovinu i želio bih da fokus i pozitiva budu usmjereni prema igračima, nadam se da će u miru i bez tenzija dočekati sljedeće bitne utakmice. Hvala svima na podršci, a reprezentaciji od srca želim sreću i uspjeh sada i u daljnjoj budućnosti”, napisao je najbolji igrač Hajduka.
Od 2008. do 2014. Livaja je igrao za mlade hrvatske selekcije od 15 do 21 godine, gdje je odigrao 54 utakmice i postigao 24 gola. U augustu2018., zbog dobrih igara u AEK-u, Livaja je prvi put pozvan u hrvatsku seniorsku reprezentaciju pod vodstvom selektora Zlatka Dalića. Međutim, ta je utakmica završila porazom Hrvatske od Španjolske s 0:6.
U novembru 2022., Livaja je ponovno pozvan u reprezentaciju za Svjetsko prvenstvo u Kataru. Na tom turniru je 27. novembra postigao historijski pogodak za Hrvatsku protiv Kanade, postajući prvim igračem Hajduka koji je zabio na Svjetskom prvenstvu za hrvatsku reprezentaciju.